Ředitel odpovídá za vědeckovýzkumnou, pedagogickou a hospodářskou činnost ústavu rektorovi ČVUT. V určitých úsecích činnosti zastupuje ředitele jím ustanovený zástupce z řad vědeckých pracovníků. Zástupcem ředitele pro věci hospodářské je tajemník ústavu. Orgánem doporučujícím směry a obsah vědecké a pedagogické činnosti ústavu je vědecká rada. Ta je složena z interních členů a externistů - zástupců význačných institucí, hlavně stavebního oboru. Poradním orgánem ředitele je ústavní rada. Jejím posláním je zajistit podmínky k plnění vědeckých, pedagogických a hospodářských úkolů instituce.
Základními organizačními jednotkami ústavu jsou odborná oddělení, řízená svými vedoucími. V odděleních působí vědečtí, inženýrští a techničtí pracovníci, v některých také řemeslníci.